फसल सुधार के प्रभाग का मुख्य उद्देश्य उष्णकटिबंधीय कंद फसलों की नई किस्मों का विकास है जो विभिन्न ग्राहक समूहों की विभिन्न जरूरतों को पूरा करता है। भारत और विदेश के विभिन्न हिस्सों से एकत्रित कुल 5000 जर्मप्लाज्म, जो सभी उष्णकटिबंधीय कंद फसलों की समृद्ध विविधता का प्रतिनिधित्व करता है, उन्हें फ़ील्ड जीन बैंक और इन विट्रो सक्रिय जीन बैंक के रूप में बनाए रखा जा रहा है। विभिन्न कंद फसलों की लगभग 40 किस्मों को इस प्रभाग द्वारा जारी किया गया है। इन नई किस्मों में कुछ उपज, उच्च स्टार्च सामग्री, विभिन्न कीटों और रोगों के प्रति सहिष्णुता / प्रतिरोध, अच्छा पाक गुण, विभिन्न मिट्टी की स्थिति आदि की अनुकूलन क्षमता आदि जैसे कुछ महत्वपूर्ण गुण हैं। इन प्रभागों में उन्नत किस्मों के विकास के लिए विभिन्न उन्नत जैव प्रौद्योगिकी उपकरण भी उपयोग किए जा रहे हैं।

पिछले पांच दशकों के दौरान व्यवस्थित प्रयासों ने कंद की फसलों जैसे 47 किस्में, कसावा में 16, शकरकंदी में 16, रतालू में 10, अमोरफोफ्लस में 2, कोलोकैसिया में 6 और कोलियस में 1 को मोचन करने के लिए प्रेरित किया। अल्प अवधि कसावा की किस्में केरल के धान के गिरने में श्री जया और श्री विजया खेती के लिए आदर्श हैं। क्षेत्रीय केंद्र, भुवनेश्वर द्वारा जारी किए गए शकरकंदी , गौरी और शंकर की दो उच्च उपज वाली किस्म पूर्वी और पूर्वोत्तर राज्यों में खेती के लिए उपयुक्त हैं। क्षेत्रीय केंद्र से जारी एक '' मुक्तकेशी '' एक प्रकार की विविधता ताड़ के पत्तों के फफूंद रोग के लिए प्रतिरोधी है, जिसमें 25-30 टन प्रति हेक्टेर की औसत कपास की पैदावार उत्कृष्ट पाक गुणवत्ता के साथ होती है। श्री धन्या एक उपन्यास बौना है जो कि सफेद कमजोर होती है (@ 40 अपनी गैर-चढ़ाई की आदत के कारण खेती की लागत%) श्री शिल्पा, अपने मध्यम आकार के, चिकनी और अंडाकार कंदों और उत्कृष्ट खाना पकाने की गुणवत्ता के साथ, दुनिया में उत्पादित अधिक से अधिक संकर का पहला संकर है। उच्च उपज (41 टन हे-1) के साथ किस्म की विविधता अच्छी खाना पकाने की गुणवत्ता के साथ मिलती है। श्री अथारा पहली अनुवांशिक रूप से सुधारित हाथी पैर की किस्म है और श्री किरण भारत में जारी पहली संकर तारों की किस्म है, जो उच्च कंद पैदावार दर्ज की है। सीटीसीआरआई में कासावा जर्मप्लाज्म के दशक के लंबे मूल्यांकन के परिणामस्वरूप एक विदेशी प्रजनन लाइन एमएनजीए-एल, कसावा मोज़ेक रोग के लिए क्षेत्र सहिष्णुता की पहचान हुई, जिसे भारत में पहली सीएमडी प्रतिरोधी किस्म के रूप में जारी किया गया था। श्री हर्ष, त्रिपोल उच्च स्टार्च सामग्री (38-41%) के साथ मिलकर उच्च उपज (35-40 टन प्रति हेक्टेर ) युक्त डी कसावा तमिलनाडु और आंध्र प्रदेश के औद्योगिक क्षेत्र में खेती के लिए आदर्श है। देश के पोषक तत्वों की कमी वाले क्षेत्रों में गरीबी के खतरे में लोकप्रिय होने के लिए एक उच्च कैरोटीन मीठे आलू की विविधता श्री कनाका (एस-कैरोटीन 9-10 एमजी / 100 ग्राम परिवार कल्याण) को जारी किया गया था।